南通軌道交通于2011年開始規劃，規劃中的交通線網由4條線路構成，全長170.8公里。2017年12月，南通軌道交通一號開工建設，建設周期預計五年左右。6月1日，南通城市軌道交通LOGO正式發布。

據悉，從2017年年底面向社會征集軌道交通LOGO以來，總計收到參賽作品多達1400余份。在遴選結束后，南通城市軌道交通進一步開展了LOGO方案設計比選招標，吸引了中國美院，北京交大、蘇州大學等多所知名院校的專業團隊參與。經過多輪究評選，最終設計由北京交大完成。

南通軌道交通LOGO整體以紅色為主色，紅色不僅是軌道交通行業的標準色，也是代表中國紅的傳統文化色。圖形中將以南通拼音首字母「N」和「T」組成地鐵的英文首字母「M」，起伏變化的圖形猶如一列急速駛過的軌道列出，又似奔騰前進的海浪，體現了南通「據江海之會、扼南北之喉」的地域特征和「追江趕海、激流勇進」的城市特質。